Фамилия Абубекирова — одна из тех, что прямо указывает на имя предка-мусульманина. Её основа — мужское имя Абубекир, вариант более известного Абубакир. Корни здесь арабские, и значение имени складывается из двух частей. Компонент «абу» (родственный «абель») восходит к арабскому «аб» — «отец ребенка», «основной владелец» или «истинный». Вторая часть, «бекир» (вариант имени Бакер), переводится как «верблюжонок», а в переносном смысле — «молодой, чистый, целомудренный». Вместе имя Абубекир означает «воплощение чистоты» или «отец чистоты».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который добавляется к основе на согласный. Это типичный способ русификации восточных имён: к имени Абубекир прибавили -ов и получили фамилию в мужском роде — Абубекиров. Женская форма Абубекирова означает, что носительница — дочь или жена Абубекирова. Такая модель массово закреплялась в XIX–XX веках, когда у народов Кавказа, Поволжья и Средней Азии фамилии оформляли по русскому образцу.

Самый вероятный социальный контекст появления фамилии — среда мусульманских народов бывшей Российской империи: татар, башкир, народов Дагестана. Имя Абубакир (и его варианты) носил первый халиф после смерти пророка Мухаммеда — Абу Бакр ас-Сиддик, поэтому имя широко распространено у суннитов. Предок-носитель имени Абубекир мог быть уважаемым человеком в общине, возможно, религиозным деятелем или старейшиной. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие — только на то, что родоначальника звали этим именем.

С точки зрения ономастики, фамилия Абубекирова интересна тем, что сохранила архаичный вариант имени с «е» во втором слоге (Абубекер, а не Абубакир). В письменных источниках XIX века у татар и башкир встречается написание «Абубекеръ», что подтверждает устойчивость этой формы. Таким образом, фамилия — не просто калька с арабского, а живое свидетельство того, как имя адаптировалось в тюркской языковой среде, а затем получило русское окончание.