Фамилия Абубекиров указывает на происхождение от личного имени Абубекир — одного из вариантов арабского имени Абубакир. Это имя носил первый праведный халиф Абу Бакр ас-Сиддик, ближайший сподвижник и тесть пророка Мухаммеда. В основе имени лежит конструкция из двух частей: компонент «абу» (в переводе с арабского «отец») и «бекир» — фонетический вариант имени Бакер. Если «абу» восходит к арабскому «аб» со значениями «отец ребенка», «основной», «истинный владелец», то имя Бакер означает «верблюжонок», а в переносном смысле — «молодой, чистый, целомудренный». Вместе имя Абубекир переводится как «отец чистоты» или «воплощение чистоты».

По модели образования фамилия Абубекиров — типично русская по форме, с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Абубекиров, то есть потомок того, кого звали Абубекир. Такие фамилии у народов, исповедующих ислам (татары, башкиры, народы Кавказа), часто оформлялись по русскому образцу при документальном закреплении в XIX–XX веках. Географически фамилия встречается преимущественно в регионах с мусульманским населением — в Татарстане, Башкортостане, на Северном Кавказе, а также в Средней Азии.

Интересная деталь: в отличие от более распространённой формы Абубакиров, вариант Абубекиров с буквой «е» во втором слоге отражает местные фонетические особенности произношения — редукцию гласного в безударной позиции или влияние тюркских языков, где звук «а» мог переходить в «е». Таким образом, написание фамилии может служить косвенной подсказкой о регионе, где её закрепили.