Фамилия Абубакирова — женская форма фамилии Абубакиров, которая, в свою очередь, происходит от арабского мужского имени Абубакир. Это имя составное: первая часть, «абу», означает «отец» или «истинный владелец», а вторая — имя Бакир, которое переводят как «обучающийся, изучающий» либо «рано созревший». Получается, что имя Абубакир можно истолковать как «отец знания» или «владелец мудрости». Родители, давая такое имя, желали сыну стать учёным или глубоко мудрым человеком.

Фамилия Абубакирова — типичный пример фамилии, образованной по русской модели: к основе имени добавили суффикс -ов (в мужском варианте Абубакиров), а затем от него образовали женскую форму на -а. Такая модель была распространена в среде крещёных татар, башкир и других народов Поволжья и Кавказа, где арабские имена веками соседствовали с русскими фамильными окончаниями.

Вероятнее всего, род Абубакировых происходит из мусульманской среды — татарской, башкирской или кавказской, где имя Абубакир (в честь первого праведного халифа Абу Бакра) особенно почитаемо. Процесс закрепления фамилий в этих регионах шёл в основном в XIX–XX веках, поэтому точное место и время появления фамилии можно установить только через генеалогическое исследование конкретной семьи.

Интересно, что фамилия Абубакирова — одна из немногих, где сохранилась исходная арабская форма имени без усечения (в отличие, например, от фамилии Бакиров, где первая часть «абу» отпала). Это делает её особенно ценной для тех, кто хочет проследить связь с доисламской и раннеисламской традицией.