Фамилия Абабакирова — женская форма мужской фамилии Абабакиров, и её разбор стоит начать с суффикса. Тюркский суффикс -ов/-ев в русской традиции указывает на принадлежность: «сын Абабакира». Но сама основа не татарская и не башкирская, а, скорее всего, иранская или кавказская. Имя Абабакир — это искажённое или диалектное произношение арабского имени Абу Бакр (в переводе «отец девственницы», то есть отец Аиши, жены пророка Мухаммеда). В тюркских языках, особенно у кумыков, ногайцев и карачаевцев, звук «у» мог переходить в «а», а «бакр» — в «бакир». Так Абу Бакр превращался в Абабакира.

Географически фамилия Абабакирова встречается в Дагестане, Чечне, а также среди казахских и киргизских родов. В русских документах XIX века её могли записать по-разному: Абабакиров, Абубакиров, Абубакиров. Вариант с двойным «а» в начале — Абабакир — характерен для кумыкского языка, где первый слог часто редуцируется. Если предок нёс эту фамилию, он, скорее всего, был мусульманином, а имя Абабакир давали в честь первого халифа Абу Бакра, сподвижника пророка.

В отличие от многих фамилий на -ов, которые образованы от прозвищ или профессий, Абабакирова напрямую связана с религиозным именем. Это не ремесло и не черта характера, а именно патроним: сын человека, которого звали Абабакир. В советское время фамилию могли упростить до Абабакиров, но в паспортах часто сохраняли исходную форму. Встречается также написание с одной «б» — Абакирова, но это уже другой корень (от имени Абакир — «вечный» по-арабски). Для носительницы фамилии Абабакирова точная этимология — «потомок того, кто носит имя первого праведного халифа».