Фамилия Аубакирова — женская форма фамилии Аубакиров, и её происхождение напрямую связано с арабским мужским именем Аубакир. Само имя составное: первая часть «ау» восходит к арабскому «Абу», что означает «отец» или «истинный владелец». Вторая часть — имя Бакир, которое трактуется двояко: либо как «обучающийся» и «достигающий», либо как «рано созревший» и «быстро выросший». Родители, давая сыну такое имя, вероятно, желали ему стать мудрым и уважаемым человеком, оправдывая обе части этого сложного имени.

Фамилия Аубакирова — типичный пример тюркской фамилии, адаптированной через русскую патронимическую модель. Суффикс «-ов» (в женском роде «-ова») указывает на принадлежность: «Аубакирова» буквально означает «дочь (или жена) Аубакира». Такая модель образования фамилий характерна для народов, долгое время находившихся в составе Российской империи и Советского Союза, особенно для казахов, татар и башкир. В казахской среде, откуда происходит большинство носителей этой фамилии, имя Аубакир (и его варианты) было распространено веками, что делает фамилию не просто родовым именем, а маркером культурной и религиозной традиции.

Среди носителей фамилии есть фигура, известная далеко за пределами Казахстана. Токтар Онгарбаевич Аубакиров (род. 1946) — 256-й космонавт мира и 72-й (и последний) космонавт СССР. Он стал первым космонавтом казахской национальности. После полёта в космос в 1991 году он вернулся на Землю уже в другую страну — независимый Казахстан. Ныне Токтар Аубакиров — депутат Мажилиса Парламента Республики Казахстан. Его биография придаёт фамилии дополнительный вес: для многих Аубакирова — это не просто «дочь Аубакира», а фамилия человека, проложившего дорогу в космос для целого народа.