Фамилия Аубакиров — одна из тех, что напрямую ведет к мусульманскому личному имени, а через него — к арабской языковой традиции. В основе лежит имя Аубакир, которое составное. Первая часть, «ау», — это одна из фонетических форм арабского «Абу» (отец, обладатель, владелец). Вторая часть — имя Бакир, у которого два значения: «обучающийся, изучающий; достигающий» и «рано созревший, быстро выросший». Полное имя, таким образом, можно истолковать как «отец знающего» или «обладатель рано созревшего ума».

Родители, давая сыну имя Аубакир, вкладывали в него пожелание, чтобы мальчик вырос мудрым, уважаемым человеком, достиг высот в знаниях и зрелости раньше сверстников. Фамилия образована по типичной для тюркских и кавказских народов модели: к имени отца (в данном случае Аубакир) прибавили русский патронимический суффикс -ов. Это указывает на то, что предок носителя фамилии был сыном человека по имени Аубакир.

Самая известная фигура среди носителей фамилии — Токтар Онгарбаевич Аубакиров (р. 1946). Он вошел в историю как 256-й космонавт мира и 72-й (и последний) космонавт СССР, а главное — как первый космонавт казахской национальности. После полета в космос он занялся политикой и сейчас является депутатом Мажилиса Парламента Республики Казахстан. Именно благодаря его известности фамилия Аубакиров стала широко узнаваема за пределами Казахстана.

С точки зрения географии, фамилия распространена прежде всего в Казахстане, а также среди казахской диаспоры. Встречаются варианты написания: в казахском языке имя звучит как Әубәкір, отсюда и фамилия могла записываться как Аубакиров или, реже, Аубакир.