Фамилия Абакиров строится по простой и прозрачной схеме: тюркское личное имя плюс русский патронимический суффикс. Основа — Абакир, тюркская передача арабского имени Абу Бакр («отец девственницы», в переносном смысле — «отец чистоты»). Так звали первого праведного халифа, ближайшего сподвижника пророка Мухаммеда, поэтому имя и производная от него фамилия широко разошлись у мусульманских народов. Суффикс -ов, добавленный к основе, работает по модели «чей?» — «сын Абакира». Такое скрещение тюркского корня и славянского окончания — типичная черта фамилий народов Поволжья, Северного Кавказа и Средней Азии, чьи метрики и переписи велись на русском языке.

География фамилии плотно привязана к татарам, башкирам, киргизам и казахам. В этих культурах имя Абакир давали в честь халифа, и фамилия прямо выводит на религиозную традицию предков. Вариант ударения — на второй слог (Абаки́ров) — встречается, но этимологии не меняет. Сословно фамилия не закрепилась за дворянством или духовенством: она бытовала в крестьянской и купеческой среде, особенно у татарских торговцев и ремесленников.

Изредка пытаются связать Абакирова с тюркским «абак» (сундук, ящик) или «аба» (отец, старший родственник), но эти версии слабее: основная масса носителей возводит фамилию именно к имени Абу Бакр. В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) подобные гибридные модели описаны как обычный способ адаптации нерусских имён в русской канцелярской традиции XIX века. Абакиров — патроним, который через имя предка связывает сегодняшних носителей с исламской историей и тюркской антропонимией, вписанной в русскую письменную культуру.