Фамилия Абакинова — женская форма фамилии Абакинов, и чтобы понять её происхождение, нужно разобрать мужской вариант. В основе лежит имя или прозвище Абакан (или Абакин). Словообразовательная модель проста: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — сын Абакана»).

Корень «Абак» неоднозначен. Самая распространённая версия связывает его с тюркским именем Абака (в разных диалектах — «отец», «предок», «медведь»). В татарской, башкирской, казахской среде имя Абака или Абакан встречалось как личное, иногда как прозвище сильного или старшего в роду человека. Тогда Абакинов — «сын Абаки». Вторая, менее вероятная гипотеза — от греческого слова «абак» (счётная доска), но она не объясняет суффикс -ин, характерный для русских фамилий от имён на -а/-я, а не для тюркских заимствований.

Географически фамилия Абакинов (и Абакинова) тяготеет к регионам Поволжья, Урала и Западной Сибири — местам смешанного русского и тюркского населения. В метрических книгах XIX века её носители чаще всего записаны как крестьяне или мещане. Фамилия редкая, не входит в сотни самых частых, но устойчиво встречается в Татарстане, Башкортостане и Оренбургской области.

Интересная деталь: в старых документах можно встретить вариант Абакин — без суффикса -ов. Это указывает на то, что исходное прозвище Абака могло напрямую стать фамилией, а более позднее Абакинов — результат «обрусения» по стандартной модели. Так что предки современных Абакиновых с большой вероятностью были людьми из тюркоязычной среды, принявшими русскую фамилию по отцу.