Фамилия Абакук ведет происхождение от сербского варианта библейского имени Аввакум. В переводе с древнееврейского оно означает «обнимающий». Среди святых покровителей этого имени — пророк Аввакум Персиянин, Римский, почитаемый как мученик. Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище, а крестильное имя, что типично для многих славянских фамилий.

Словообразовательная модель проста: к основе имени Абакук не добавлялся типичный русский суффикс (-ов, -ин), фамилия совпадает с самой формой имени. Это указывает на то, что она могла закрепиться в документах без дополнительной русификации, что чаще встречается у фамилий украинского, белорусского или, как в данном случае, сербского происхождения. В русской среде аналогичная фамилия звучала бы как Абакумов или Аввакумов.

Менее вероятная версия связывает фамилию с прозвищем Абак. Абаком называли механические счеты — деревянные, костяные или каменные пластины с передвигающимися костяшками, применявшиеся в Европе и арабских странах до середины XVIII века. Согласно этой гипотезе, предок Абакук мог быть счетоводом или торговцем, использующим такое устройство. Однако эта версия слабее: имя Аввакум и его производные широко распространены в православной традиции, а прозвище от названия счётного прибора — редкость, к тому же фамилия в форме Абакук прямо повторяет именно южнославянскую огласовку имени, а не нарицательное «абак». Поэтому основным и наиболее правдоподобным объяснением остается происхождение от церковного имени.