Фамилия Абубакаровы (в мужском роде — Абубакаров, в женском — Абубакарова) образована от личного имени Абубакар. Это имя — арабского происхождения, и его значение складывается из двух корней: «абу» (отец, владыка) и «бакр» (верблюжонок; в переносном смысле — молодой, чистый, целомудренный). В исламской традиции имя Абу Бакр носил ближайший сподвижник пророка Мухаммеда, первый праведный халиф, поэтому имя широко распространено у народов, исповедующих ислам.

В русском языковом пространстве фамилия появилась через тюркское посредничество. В XV–XVII веках, когда в состав Московского государства входили земли бывшей Золотой Орды, выходцы из тюркской среды — татары, ногайцы, азербайджанцы, чеченцы — нередко переходили на русскую службу. Их потомки, принимая православие или сохраняя веру, получали фамилии по имени отца. Так имя Абубакар обрастало русским суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «Абубакаров» буквально значит «сын Абубакара».

Суффикс -ов здесь типичен для русской фамильной модели, но основа остаётся восточной. В отличие от фамилий на -ин или -ский, эта модель не привязана к географическому названию или прозвищу, а прямо наследует имя родоначальника. Если в роду сохранялись сведения о предке-мусульманине, фамилия могла указывать на его высокий социальный статус: Абу Бакр — имя халифа, поэтому его носители в тюркской среде часто были людьми уважаемыми, грамотными, возможно, духовными лицами или старейшинами.

Ошибочно относить фамилию к «древнейшим русским дворянским» — она не фиксируется в боярских родословных книгах. Её носители — это в основном служилые татары, казаки, крестьяне из Поволжья и Северного Кавказа, которые в XIX веке получили фамилию по отцу при переписях. Встречаются варианты написания: Абубакиров, Абубекеров — они отражают диалектное произношение имени в разных тюркских языках.

Сегодня фамилия Абубакаровы — одна из самых частых у чеченцев и ингушей, а также встречается у татар, башкир и народов Дагестана. Она не несёт в себе указания на конкретное ремесло или место жительства, зато прямо связывает носителя с именем, которое в исламской культуре символизирует верность, чистоту и мудрость.