Фамилия Абубакеров — одна из тех русских фамилий, которые выдают не славянские, а мусульманские корни. Её основа — арабское имя Абу Бакр (أبو بكر), что переводится как «отец девственницы» или, по другой версии, «отец верблюжонка». Первый вариант отсылает к Аише, дочери Абу Бакра, жене пророка Мухаммеда. Второй — к арабской метафоре, где верблюжонок символизирует чистоту. В любом случае, имя это для ислама знаковое: Абу Бакр ас-Сиддик — ближайший сподвижник пророка и первый халиф.

В русский язык фамилия пришла через тюркское посредничество. У народов Кавказа, татар, башкир имя Абубакар (или Абубакр) было распространено веками. К нему добавили русский патронимический суффикс -ов, который в данном случае не обязательно означает «сын» в прямом смысле. Скорее, это стандартная русификация: так в метриках и переписях фиксировали «Абубакеров» — то есть «из рода Абубакара». Суффикс -ев здесь закономерен: основа на мягкий согласный (Абубакер) требует именно его, а не твёрдого -ов.

Географически фамилия привязана к регионам с сильным исламским влиянием в составе Российской империи. Чаще всего Абубакеровы встречаются в Дагестане, Чечне, Ингушетии, а также среди казанских татар и башкир. Встречается она и у азербайджанцев, но там более типична форма Абубекеров — с гласной «е» в корне, что отражает местное произношение. В дореволюционных документах можно найти и написание через «х» — Абубакеров, но это скорее исключение.

Социальный состав носителей фамилии был пёстрым. В горских обществах Абубакеровы могли быть и духовными лицами (кадиями, муллами), и простыми крестьянами-общинниками. В среде татарского купечества или служилых мурз эта фамилия тоже встречалась. Примечательно, что в отличие от многих арабских имён, которые в русской среде обросли целым кустом фамилий (например, от Мухаммед пошли Магомедовы, Махмудовы, Медведевы), Абубакеров остался довольно редким и компактным — без вариантов вроде Абубакиров, хотя такое написание изредка попадается как результат канцелярской ошибки.

С точки зрения словообразования, фамилия прозрачна: корень Абубакер- плюс суффикс -ев. Ударение традиционно ставится на последний слог: Абубаке́ров. Однако в устной речи у самих носителей, особенно на Кавказе, часто смещают ударение на третий слог — Абуба́керов, что ближе к ритмике аварского или чеченского языков. Эта особенность — хороший маркер регионального происхождения конкретного рода.