Фамилия Абубякеров происходит от личного имени Абубякер — варианта арабского имени Абубакр (Абубакер). Имя это составное: первая часть «абу» означает «отец» или «обладатель», а вторая — «Бакр» — переводится как «верблюжонок» или «молодой, чистый, целомудренный». В сумме имя Абубакр (Абубякер) осмысляется как «отец чистоты» или «воплощение чистоты». Это имя носил первый праведный халиф Абу Бакр ас-Сиддик, сподвижник и тесть пророка Мухаммада, что объясняет его широкое распространение среди мусульманских народов.

Фамилия образована по русской словообразовательной модели: к основе Абубякер добавили патронимический суффикс -ов. Такая модель типична для фамилий, возникших у народов, вошедших в состав Российской империи, особенно у татар и башкир, где арабские имена адаптировали под местное произношение и затем русифицировали. Вариант Абубякеров (с «я» и «е») — это результат местного произношения: в тюркских языках звук «а» после мягких согласных часто переходит в «я», а «э» — в «е». Поэтому написание Абубякеров — не ошибка, а фонетически закономерная форма, отличающаяся от литературного арабского Абубакров или Абубакиров.

Фамилия Абубякеров — относительно редкая, её можно встретить преимущественно у татар и башкир, а также у представителей других тюркских народов, исповедующих ислам. Встречается она и в форме Абубакиров, что является вариантом, более близким к арабскому оригиналу. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья и Урала — Татарстану, Башкортостану, Оренбургской и Челябинской областям. Потомок человека по имени Абубякер — то есть «сын Абубякера» — со временем закрепил за собой и своей семьёй фамилию Абубякеровы.