Фамилия Аубековы происходит от мусульманского мужского имени Аубек, что указывает на её тюркские корни. Имя это составное: первая часть «ау» восходит к древнетюркскому слову со значением «отец» или «истинный владелец», а вторая часть — «бек» — означает «князь, повелитель, господин». Таким образом, имя Аубек в целом можно истолковать как «отец-князь» или «истинный господин». Родители, давая такое имя сыну, желали ему стать мудрым и уважаемым человеком, занимать высокое положение.

Словообразовательная модель фамилии проста: к основе Аубек добавили русский суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?»). То есть Аубековы — это потомки человека по имени Аубек.

Истоки фамилии лежат в XV–XVII веках и связаны с выходцами из тюркской среды — из Золотой Орды, от печенегов или половцев. В те времена многие нерусские по происхождению люди, в том числе знатного рода, поступали на службу к московским князьям и получали поместья. Их имена, переходя в фамилии, закреплялись за потомками. Поэтому, хотя фамилия Аубековы звучит по-русски благодаря суффиксу, её основа — чистый памятник восточной ономастики и культуры.

Стоит заметить, что фамилия эта довольно редкая. В отличие от массовых русских фамилий на -ов, образованных от крестильных имён (Иванов, Петров), Аубековы сохраняют связь с мусульманским именником и тюркской традицией имянаречения.