Фамилия Аубеков имеет очень интересную историю происхождения и относится к распространенному типу древнейших восточных фамилий, ведущих свое начало от тюркских носителей, а именно выходцев из Золотой Орды: или от печенегов, или от половцев. Соответственно, своими корнями фамилия Аубеков уходит в XV-XVII вв. Сведения в родословной о восточном происхождении фамилии Аубеков являются более или менее точными и подтверждаются соответствующими восточным именем ее родоначальника. Фамилия Аубеков ведёт начало от мусульманского мужского имени Аубек. Как и большинство имен восточного происхождения, имя Игисен имеет сложную основу. Первая часть этого имени восходит к древнетюркскому слову «ау», которое в переводе на русский язык означает «отец; истинный владелец Вторая часть восходит к тюркскому «бек» - «князь, повелитель, начальник, руководитель, глава, хозяин, господин». Вероятно, родители, нарекая ребёнка именем Аубек, желали своему сыну стать мудрым и уважаемым человеком. Проникновению инонациональных основ в состав русских фамилий, и в частности в состав фамилии Аубеков способствовал тот исторический факт, что многие дворяне в России были по своему происхождению нерусскими. Тем не менее, фамилия Аубеков представляет собой замечательный памятник восточной письменности и культуры.