Фамилия Альбекер — редкая для России, и её происхождение почти наверняка не русское, а принесённое переселенцами. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев, -ин или -ский, эта имеет характерный немецкий или еврейский (ашкеназский) суффикс -ер, указывающий на принадлежность к профессии или месту.

Скорее всего, основа «Альбек» — это искажённое немецкое «Albeck» или «Ahlbeck». В Германии и Австрии есть несколько топонимов Альбек (например, городок в Баден-Вюртемберге). По этой модели фамилия могла означать «человек из Альбека» (переселенец). Вторая версия, более вероятная для еврейских носителей: «Альбекер» — это вариант фамилии «Альтбекер» (Altbäcker), что значит «старый пекарь» (от нем. alt — старый, Bäcker — пекарь). Со временем буква «т» могла выпасть в произношении, и фамилия упростилась до Альбекер.

Если отталкиваться от словообразовательной модели, суффикс -er в немецких и еврейских фамилиях выполняет ту же роль, что русское -ец: «житель того-то» или «тот, кто делает». В данном случае мы имеем дело с типичной «топонимической» или «профессиональной» фамилией, которая закрепилась за родом, когда немецкоязычные колонисты (в Поволжье, Причерноморье) или еврейские ремесленники получили фамилии в XVIII–XIX веках. В России фамилия встречается в основном среди потомков поволжских немцев, а также в еврейских общинах бывшей черты оседлости.

С точки зрения этимологии, разобрать фамилию по славянским корням невозможно — она целиком заимствована. Это сразу отличает её от типичных русских фамилий и даёт ключ к поиску: если вы носите фамилию Альбекер, скорее всего, ваши предки были либо немецкими колонистами, либо евреями, жившими в Германии или Австрийской империи, а затем перебравшимися в Российскую империю.