Фамилия Агубаев — яркий пример тюркского антропонимического наследия, которое вошло в русскую фамильную систему через процессы обрусения и крещения. Её основа — личное мужское имя Агубай, которое до сих пор встречается у башкир, татар, казахов и других народов тюркской языковой группы.

Имя Агубай составное. Первая часть «аг» (ак) в тюркских языках означает «белый», «чистый», «светлый», а в переносном смысле — «благородный», «святой». Вторая часть «бай» — это титул, обозначающий богатого, знатного человека, хозяина или господина. Таким образом, Агубай — это «белый (светлый) господин» или «благородный богач». Такие имена давали с пожеланием ребёнку богатства, чистоты помыслов и высокого положения.

Русский суффикс -ев указывает на принадлежность: Агубаев — сын Агубая. Фамилия закрепилась, когда носитель имени или его потомки перешли в православие или попали в русскую административную среду, где требовалась фамилия по отцу. Интересно, что в отличие от многих фамилий на -ов, где основа кончается на твёрдый согласный, здесь -ев присоединился к мягкому «й».

Географически фамилия распространена преимущественно в Поволжье и на Южном Урале: в Оренбургской, Самарской, Челябинской областях, а также в Башкортостане и Татарстане. Встречается и у кубанских казаков, где исторически оседали тюркские народы. Носители Агубаевых — в основном потомки башкирских и татарских служилых людей, ясачных крестьян или казаков, которые в XVII–XIX веках получали фамилии по отцу при переходе в русское сословное общество.

Однокоренные фамилии — Агубаев, Акубаев, Агбаев — различаются диалектным произношением или орфографической фиксацией в документах. Все они восходят к тому же имени Агубай, что делает их этимологическими родственниками, а не случайными созвучиями.