Фамилия Ахаржанов — редкая и по звучанию необычная для русского уха. Её происхождение почти наверняка связано с тюркскими языками, что неудивительно для фамилий, возникших на южных и восточных окраинах России. Основу составляет тюркское слово «ахаржан» или близкое к нему, которое можно разобрать на две части: «ахар» (ак, акъ) — «белый», «чистый», «благородный», и «жан/джан» — «душа», «человек» (в переносном смысле — «дорогой», «любимый»). Таким образом, исходное прозвище Ахаржан могло означать «чистая душа» или «благородный человек» — типичное для тюркской антропонимии комплиментарное именование.

Русский суффикс -ов присоединился к основе уже на русской почве, оформив фамилию по стандартной модели: «чей?» — Ахаржанов, то есть сын или потомок Ахаржана. Подобное образование — признак того, что предки носителя фамилии, скорее всего, были крещёными татарами, башкирами, казахами или представителями других тюркских народов, перешедшими в русское подданство и усвоившими русскую фамильную систему. В дореволюционных метрических книгах такую фамилию можно встретить в Оренбургской, Уфимской, Казанской губерниях — в зоне активного тюрко-славянского пограничья.

Интересно, что фамилия не имеет варианта с суффиксом -ин, хотя могла бы, если бы основа оканчивалась на -а. Форма «Ахаржанов» указывает на то, что в момент оформления фамилии исходное прозвище воспринималось как мужское имя на согласный (Ахаржан), а не как женское или ласкательное. Это дополнительно подтверждает её «взрослое», статусное происхождение — прозвище давали не ребёнку, а взрослому человеку за его качества.

Встречаемость фамилии крайне низкая. В современных телефонных справочниках и базах данных она фиксируется единично, в основном в Поволжье и Западной Сибири. Это говорит о том, что род был немногочисленным и, возможно, происходит из одного корня.