Фамилия Ахатжанов — восточное имя, которое оформили по русской патронимической модели. Её основа — мужское имя Ахатжан, сложенное из двух компонентов. Первая часть, «Ахат», восходит к арабскому «Ахад» — «единый», «единственный»; в исламе это один из эпитетов Бога. Вторая часть, «жан», персидского происхождения, означает «душа» или «жизнь» и в составе имени работает как ласкательный или почтительный компонент: «дорогой», «любимый». Имя Ахатжан можно осмыслить как «единственная душа» или «драгоценный, как единство».

Словообразовательная модель проста и типична для XIX–XX веков: к основе «Ахатжан» добавили русский суффикс «-ов», указывающий на принадлежность. Ахатжанов буквально значит «сын Ахатжана» или «из рода Ахатжана». Такая схема массово применялась при документальном оформлении у тюркских народов — особенно у казахов, татар, башкир и узбеков — когда от имени отца образовывали фамилию с русским окончанием. В самой тюркской среде имя Ахатжан не было единичным: существуют параллельные формы Ахат, Ахатбек, Ахатжан. Фамилия Ахатжанов — не калька с прозвища или профессии, а прямой отчестванный вариант.

Среди однокоренных фамилий — Ахатов, Ахатбаев, Жанов (где «жан» становится самостоятельной основой). Носители фамилии чаще всего встречаются в Казахстане, Узбекистане и среди татарской диаспоры. В русском ономастиконе эта фамилия не исконно славянская, а результат культурного и языкового контакта. Её разбор показывает, как исламская религиозная лексика (Ахад) соединилась с персидским суффиксом уменьшительности, а затем оказалась вписана в русскую грамматику. Ахатжанов — редкая фамилия, и её структура наглядно демонстрирует, как через одну словоформу проходят три культурных слоя: арабский, персидский и русский.