Фамилия Ахатов происходит от арабского имени Ахат, что значит «единственный». На тюркской почве это имя давали долгожданному первенцу, подчёркивая его уникальность и долгожданность. Модель образования фамилии типична для русского языка: к основе «Ахат» добавили патронимический суффикс -ов, указание на принадлежность к роду. Поэтому буквальное значение фамилии — «сын Ахата», «потомок Ахата».

Среди однофамильцев особенно известен Габдулхай Хурамович Ахатов (1927–1986) — доктор филологических наук, профессор, член Советского Комитета тюркологов. Он внёс весомый вклад в изучение диалектов и лексикологии тюркских языков, его работы до сих пор цитируются специалистами.

Фамилия бытует преимущественно в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — в тех регионах, где веками складывались тесные контакты между тюркским и русским населением. Встречаются и татарские варианты написания, например Ахәтов, но в русской документации закрепилась форма Ахатов.