Фамилия Ахатова — одна из тех, что прямо указывает на имя предка. В её основе лежит тюркское мужское имя Ахат, которое переводится как «единственный». Таким именем в семье часто нарекали долгожданного первенца, особенно если до него детей не было или они не выживали. Слово «ахат» — арабского происхождения (от «ахад»), в тюркские языки оно попало вместе с исламом, поэтому имя распространено у татар, башкир, казахов и других народов, исповедующих ислам.

Фамилия образована по стандартной для русского языка модели: к основе Ахат- добавлен суффикс -ов (в женском варианте — -ова). Так оформлялись фамилии в семьях, где говорили по-русски или где документы велись на русском языке. Встречаются и другие варианты: Ахатов, Ахатова — это одна и та же фамилия, меняющая окончание по родам. Ударение, как правило, падает на второй слог: Аха́това.

Географически фамилия Ахатова чаще всего встречается в Татарстане, Башкортостане, в Челябинской и Оренбургской областях, а также среди казанских и сибирских татар. Это типичная татарская фамилия, хотя носители могут быть и среди других тюркских народов.

Самый известный носитель — Габдулхай Хурамович Ахатов, советский и российский учёный-филолог, доктор наук, профессор. Он занимался диалектами тюркских языков, лексикологией, входил в Советский Комитет тюркологов. Его работы до сих пор цитируются в ономастике и диалектологии.

Процесс формирования фамилий у тюркских народов шёл неравномерно: у одних родов фамилии закрепились к началу XX века, у других — только после всеобщей паспортизации в 1930-е годы. Поэтому точно сказать, когда именно появился род Ахатовых и в каком конкретно селе, можно только по архивным записям. Сама фамилия — не редкость, но её значение прозрачно: она говорит о том, что основатель рода был единственным и, вероятно, очень желанным ребёнком.