Фамилия Ахимонова — женская форма от Ахимонов. А та, в свою очередь, образована от мужского прозвища или нецерковного имени Ахимон. В основе этого имени, скорее всего, лежит просторечная форма канонического имени Иоаким. В русском языке оно превращалось в Яким, затем в Аким и далее — в Ахим. Потеря начального гласного и появление протетического «х» — характерное явление народной этимологии: имя Аким «укрепили» дополнительным звуком, чтобы оно звучало весомее или чтобы избежать зияния гласных. Такие вставки — не редкость в северных говорах: вспомните Харлам вместо Парлам или Хевронья вместо Февронья.

Интересна словообразовательная модель. Суффикс «-онов» в фамилии Ахимонов — редкий вариант патронимического суффикса «-ов», присоединённого к основе на мягкий согласный. Обычно для таких основ (Аким, Ахим) использовали суффикс «-ов» (Акимов). Но в ряде регионов, особенно на севере и в центральных областях России, могли сказать «Ахимонов» — по аналогии с фамилиями типа Миронов, где основа оканчивается на твёрдый «н». Таким образом, Ахимонов буквально означает «сын Ахимона», то есть потомок человека, которого в быту звали Ахимоном (производное от Аким). Это нестандартное окончание — одна из тех деталей, которая сразу выдает не московское, а именно северное происхождение.

Географически фамилия редкая. Если судить по данным современных телефонных справочников и архивов, её очаги тяготеют к Вологодской и Архангельской областям, а также встречаются в Сибири — в местах, куда переселялись севернорусские крестьяне. Это косвенно подтверждает версию о северном происхождении: именно в тех краях были распространены формы с «х» и нестандартные патронимы. Социальный контекст: носители фамилии Ахимоновы, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми. Дворянских родов с такой фамилией в родословных книгах не зафиксировано — это типично для фамилий, образованных от простонародных вариантов имён. В написании возможна вариативность: в старых документах встречается Ахимонов и Ахиманов (с «а» во втором слоге), но современный орфографический стандарт закрепил форму через «о».