Фамилия Ахматханова — яркий пример восточного имени, ставшего родовым прозвищем. Она образована от мужского имени Ахматхан, которое, в свою очередь, является составным. Первая часть, Ахмат (или Ахмет), восходит к арабскому корню и означает «самый знаменитый», «прославленный», «достойный похвалы». Вторая часть — тюркский титул «хан» («повелитель», «властелин»). В прошлом это слово не только обозначало правителя, но и входило в состав обрядовых имён: родители нарекали мальчика Ахматханом с пожеланием ему богатства и власти, подобной ханской. Полный перевод имени — «самый достойный похвалы повелитель».

Фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который добавляется к основе, оканчивающейся на согласный. Женская форма Ахматханова указывает на принадлежность к роду человека по имени Ахматхан. Изначально такое прозвание получал глава семьи, а затем оно закреплялось за его потомками. Грамматически фамилия стоит в родительном падеже, отвечая на вопрос «чей?»: сын Ахматхана — Ахматханов.

По своему происхождению фамилия типична для регионов, где тесно переплелись тюркская и арабская культуры, — в первую очередь для Северного Кавказа, Поволжья и Средней Азии. У разных народов имя Ахматхан могло звучать как Ахметхан или Ахмедхан, и все эти варианты дали начало однокоренным фамилиям. Таким образом, носительница фамилии Ахматханова может проследить свои корни до предка, носившего это двусоставное имя, которое одновременно славило его и указывало на высокий статус, пусть и пожелательный.