Фамилия Ахметкужина — женская форма, а мужская, Ахметкужин, образована от составного мусульманского имени Ахметкужа. Это имя, в свою очередь, сложено из двух арабских основ: «Ахмет» (вариант имени Ахмад, означающего «достохвальный», один из эпитетов пророка Мухаммеда) и «кужа» — тюркского слова «хозяин, господин, владелец» (восходит к персидскому «ходжа»). Получается имя со значением «господин Ахмет» или «достохвальный хозяин». В татарской и башкирской ономастике такие двухосновные имена с компонентом «кужа» («хузя») были распространены: Кужахмет, Кужабирде, Ахметхузя. Фамилия Ахметкужина — это, по сути, «притяжательное» от имени: «чей?» — Ахметкужин, то есть «потомок Ахметкужи».

Суффикс -ин в русской модели фамилий указывает на принадлежность к роду: Иванов сын — Иванов, Ахметкужин сын — Ахметкужин. В тюркской среде, где фамилии массово закреплялись в XIX–XX веках, такую форму часто давали по имени отца или деда. То есть предок носительницы фамилии, скорее всего, носил имя Ахметкужа. Это имя говорит о религиозной и социальной среде: оно указывает на уважаемого человека, возможно, сельского старосту, купца или духовное лицо (ходжа — почетный титул для потомков пророка или учителей).

Географически фамилия Ахметкужина встречается преимущественно среди татар и башкир, в республиках Поволжья и Приуралья — в Башкортостане, Татарстане, а также в Челябинской и Оренбургской областях. Встречаются варианты написания с «у» и «ю»: Ахметкужин и Ахметкюжин, но первая форма более распространена и фонетически точнее передает тюркское произношение. Встречается и вариант Ахметхужин, где «х» сохраняется из исходного «ходжа». Все они указывают на одно и то же имя-основу.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна для русского уха из-за стыка двух корней, но для тюркской антропонимии это стандартная модель. Ударение, скорее всего, падает на второй или третий слог: Ахметкýжина или Ахметкужúна, хотя в бытовой речи возможны колебания. В целом, фамилия Ахметкужина — это прямой маркер татаро-башкирского происхождения, связанный с именем, которое несло в себе и религиозный смысл, и социальный статус.