Фамилия Ахметкужина — женская форма, а мужская, Ахметкужин, образована от составного мусульманского имени Ахметкужа. Это имя сложено из двух основ: арабской «Ахмет» (вариант имени Ахмад, «достохвальный», один из эпитетов пророка Мухаммеда) и тюркской «кужа» — «хозяин, господин, владелец», восходящей к персидскому «ходжа». Получается имя со значением «господин Ахмет» или «достохвальный хозяин». В татарской и башкирской ономастике двухосновные имена с компонентом «кужа» («хузя») были распространены: Кужахмет, Кужабирде, Ахметхузя. Фамилия Ахметкужина — это, по сути, «притяжательное» от имени: «чей?» — Ахметкужин, то есть «потомок Ахметкужи».

Суффикс -ин в русской модели фамилий указывает на принадлежность к роду: Иванов сын — Иванов, Ахметкужин сын — Ахметкужин. В тюркской среде, где фамилии массово закреплялись в XIX–XX веках, такую форму давали по имени отца или деда. Значит, предок носительницы фамилии носил имя Ахметкужа. Это имя указывает на уважаемого человека, возможно, сельского старосту, купца или духовное лицо (ходжа — почетный титул для потомков пророка или учителей).

Географически фамилия встречается преимущественно среди татар и башкир, в республиках Поволжья и Приуралья — в Башкортостане, Татарстане, а также в Челябинской и Оренбургской областях. Встречаются варианты написания: Ахметкужин и Ахметкюжин, но первая форма фонетически точнее передает тюркское произношение. Вариант Ахметхужин сохраняет исходное «х» из «ходжа». Все они указывают на одно и то же имя-основу.

С точки зрения словообразования, фамилия необычна для русского уха из-за стыка двух корней, но для тюркской антропонимии это стандартная модель. Ударение, скорее всего, падает на второй или третий слог: Ахметкýжина или Ахметкужúна, хотя в бытовой речи возможны колебания. В целом, фамилия Ахметкужина — прямой маркер татаро-башкирского происхождения, связанный с именем, которое несло и религиозный смысл, и социальный статус.