Фамилия Аккубаков — редкий случай, когда тюркское имя-основа почти не изменилось при переходе в русскую фамилию, а суффикс -ов указывает на географию её закрепления. В отличие от многих фамилий, где корень затемнён, здесь прозрачно читается мужское личное имя Аккубак. Оно составное: «ак» (белый, чистый, благородный) и «кубак» — диалектный вариант слова «куба» (бледный, светлый, русый) или же «кубак» как «кувшин» в некоторых тюркских говорах. Первый вариант — «белокурый» или «светлый лицом» — выглядит убедительнее: в тюркской антропонимике часты имена, описывающие внешность, а прозвище по цвету волос легко закреплялось за родоначальником.

Формант -ов — классический русский патронимический суффикс, который в XVI–XVII веках присоединяли к тюркским основам при переходе служилых татар, башкир и других народов в русское подданство. Фамилия Аккубаков почти наверняка сформировалась в среде поволжских татар или башкир, где имя Аккубак фиксируется в метрических книгах XIX века. В русскую фамилию её превратили либо при крещении (когда к имени добавили суффикс принадлежности), либо при записи в ревизские сказки — такую модель называют «окаменевшим отчеством»: сына некоего Аккубака стали звать Аккубаковым.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на последний слог (Аккубако́в), что нетипично для длинных татарских основ, где ударение чаще на первом слоге. Это косвенно указывает на то, что фамилия давно обрусела и подчинилась русской акцентной модели — как, например, Карамзи́н или Аксако́в. Встречается также вариант написания с одной «к» — Акубаков, но он редок и, скорее всего, результат ошибки писаря, так как имя Аккубак устойчиво передавалось с удвоением.

Сословно предки Аккубаковых могли быть как служилыми татарами (мелкопоместные дворяне или однодворцы), так и государственными крестьянами из башкирских или татарских деревень. Дворянских родов с этой фамилией в «Бархатной книге» и гербовниках нет — значит, в высшее сословие Аккубаковы не попали, а остались в среде разночинцев или крестьянства. По переписям XIX века фамилия встречается в Казанской, Уфимской и Оренбургской губерниях, что подтверждает её привязку к Волго-Уральскому региону.