Фамилия Акуен — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её, нужно разобрать слово по частям. Перед нами пример фамилии, образованной от имени или прозвища с помощью суффикса -ен. Этот суффикс встречается в южнорусских, украинских и белорусских говорах. Он работает так же, как более известный суффикс -енко, но без конечного -ко. В фамилиях Ковален, Грицен, Павлен суффикс -ен указывает на «сына» или «потомка». Соответственно, Акуен буквально означает «сын Акуя» или «потомок Акуя».

Основа «Акуй» — это народная, сокращённая форма от крестильного имени Акакий. Полное имя Акакий (от греческого «незлобивый») в крестьянской и казачьей среде часто усекали: Акак → Акуй → Акуен. Длинные церковные имена казались неудобными в быту, поэтому их переделывали. Предок носителя фамилии мог быть Акакием, которого в семье и деревне звали Акуем, а его детей уже записывали как Акуенов.

Существует и вторая, менее распространённая версия. В некоторых говорах слово «акуй» или «акуя» могло быть прозвищем — от глагола «акать» (говорить на «а») или от звукоподражательного «куй» (связанного с ковкой, кузнецом). Однако эта гипотеза слабее: она не объясняет характерный суффикс -ен, который чётко указывает на патронимическую модель — «чей сын?». Прозвища обычно давали фамилии с другими суффиксами (например, -ов).

Географически фамилия Акуен тяготеет к югу России и Украине. В дореволюционных записях она встречается среди казаков бывшей Екатеринославской губернии и в слобожанских сёлах. В современной России она остаётся малочисленной: по открытым данным, в стране живёт не более нескольких сотен человек с такой фамилией, большинство — в Ростовской области и Краснодарском крае. Её редкость — не признак утраты, а свидетельство локального бытования: она сохранилась там, где когда-то жили потомки человека по прозвищу Акуй.