Фамилия Акунини — редкий случай, когда написание почти полностью совпадает с литературным псевдонимом, но имеет совершенно другую природу. Если Борис Акунин придумал себе фамилию от японского «акунин» (злодей), то реальная фамилия Акунини — исконно русская, и её корень лежит в православном именослове.

Основа фамилии — крестильное имя Аки́ня, которое в русской народной традиции было уменьшительной формой от Иоаки́м (библейское имя, означающее «Яхве воздвигнет»). В просторечии имя Иоаким превращалось в Аким, а от него образовывались ласкательные варианты: Акиня, Акиша, Акуня. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей сын?» — Акунин, то есть сын Акуни. Двойное -ини на конце — это не опечатка, а патронимический суффикс -ини, который в некоторых русских говорах (преимущественно северных и рязанских) закрепился как вариант обычного -ин. То есть Акунини — это «сын Акуни» в диалектной огласовке, аналог фамилий вроде Митронини, Фомини.

Встречается фамилия в основном в центральных и северных областях России, особенно в старых переписях Вологодской и Костромской губерний. Поскольку имя Аким было распространено среди крестьян и мещан, предки носителей фамилии скорее всего были землепашцами или ремесленниками. Никакого отношения к «злодейству» или литературе эта фамилия не имеет — она лишь случайно созвучна японскому слову, которое популяризировал писатель.

Таким образом, Акунини — это не псевдоним, а редкая диалектная форма отчества, сохранившая память о предке по имени Акиня (Аким).