Фамилия Акунина — одна из тех, что внешне похожа на притяжательное прилагательное, а внутри хранит прозвище. Суффикс -ин здесь работает по стандартной русской модели: он отвечает на вопрос «чей?» и указывает на принадлежность предку по имени или прозвищу Акуня. Но вот с самой основой «Акуня» всё интереснее, чем кажется на первый взгляд.

Самая вероятная версия ведёт к слову «акула». В старых русских говорах акулу называли «акуня» — уменьшительно-ласкательная форма, которая звучала куда привычнее для уха, чем книжное «акула». Прозвище Акуня давали человеку с хватким, напористым характером, либо тому, кто промышлял на воде: рыбаку, лодочнику или купцу, торговавшему рыбой. Менее распространённая гипотеза выводит Акуню из диалектного «акун» — так в некоторых областях называли крупного, неуклюжего человека или даже медведя. В любом случае, корень не церковный и не крестильный, а бытовой, прозвищный.

География фамилии подсказывает, какая из версий правдоподобнее. Акунины встречаются преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях. В Поморье и на Севере акулий промысел и рыболовство были частью повседневной жизни, и прозвище Акуня там было более уместным, чем, скажем, в чернозёмной полосе. Это косвенно подтверждает «водную» версию происхождения.

Мужской вариант фамилии — Акунин — фиксируется в документах с XVII века. В переписных книгах встречаются крестьяне и посадские люди с таким именованием. Дворянских родов с этой фамилией не зафиксировано, что типично для прозвищных фамилий: они возникали в среде крестьян и ремесленников, а не в боярских палатах.

В современном контексте фамилия получила широкую известность благодаря писателю Борису Акунину. Его псевдоним отсылает к японскому слову «акунин» — «злодей», и это литературный приём, а не реальная этимология. Историческая же фамилия Акунина ничего общего с японским языком не имеет и остаётся чисто русским прозвищным именованием, которое закрепилось за предками, скорее всего, из-за их связи с морем или рекой.