Фамилия Алагузов — редкий случай, когда географическая привязка говорит о происхождении больше, чем разбор корня. Основная масса носителей исторически сосредоточена на Южном Урале, в Башкортостане и Оренбуржье. Это сразу указывает на тюркскую, скорее всего башкирскую или татарскую, основу. Фамилию образовали по русской модели с суффиксом -ов, который в XVI–XIX веках массово добавляли к нерусским именам и прозвищам при переходе в сословие государственных крестьян или казаков. Суффикс -ов здесь — чисто патронимический, означающий «сын Алагуза», и именно он превратил личное прозвище в наследственную фамилию.

Корень «Алагуз» (или «Ала-гуз») разбирается двояко. Первая часть, «ала», в тюркских языках означает «пёстрый», «рябой», а также может указывать на масть лошади (ала-ат — пёстрый конь). Вторая часть — «гуз» — спорнее. Это может быть искажённое «куз» (глаз) или «кюз» (осень, а в переносном смысле — зрелый возраст). Наиболее вероятная версия: Алагуз — это древнее тюркское личное имя-пожелание со значением «зоркий, как сокол» (от «ала күҙ» — «пёстрый глаз», то есть острый, проницательный взгляд). В башкирском ономастиконе такие двухосновные имена с компонентом «күҙ» встречаются, хотя и не массово. Имя могли дать ребёнку, чтобы он вырос внимательным и дальновидным.

Вторая, менее распространённая гипотеза, выводит фамилию от этнонима. «Алагуз» могло быть прозвищем человека из племени или рода, известного как «ала-гуз» — «пёстрые гузы» (гузы — одно из древних тюркских племён, предки туркмен). Если это так, то предок носителя фамилии мог быть выходцем из среды, помнившей родоплеменное деление, что типично для башкирских и казахских степей. Однако эта версия слабее: этнонимы реже становятся личными именами, а фамилия явно восходит именно к личному имени, а не к прозвищу по племени.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на последний слог — Алагузо́в, что характерно для тюркских фамилий, русифицированных на Южном Урале. Однокоренных фамилий в русском языке практически нет, что подчёркивает её локальный и редкий характер. Носители фамилии — потомки тех, кто носил имя или прозвище Алагуз, и в большинстве своём связаны с башкирскими или татарскими родами, перешедшими в оседлость и записанными в казачье или крестьянское сословие.