Фамилия Алахирева — редкий пример того, как народная переработка церковного имени ушла далеко от исходного звучания. Основа здесь — крестильное имя Елевферий, которое в переводе с греческого означает «свободный». В живой речи это имя прошло цепочку упрощений: Елевферий → Алефир → Алахирь. Именно последняя, самая краткая форма и легла в основу фамилии.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ев присоединился к основе Алахир-. Фамилия отвечает на вопрос «чей?» — то есть «сын Алахиря». Ударение, скорее всего, падает на третий слог: Алахи́рева.

Одним из небесных покровителей имени Елевферий считается епископ Иллирийский, пострадавший за веру во II веке. По преданию, он был поставлен епископом в возрасте двадцати лет — случай исключительный даже для раннехристианских времен. Однако в быту имя Елевферий носило преимущественно простое духовенство и крестьяне: слишком громоздкое для повседневного обихода, оно быстро обрастало уменьшительными формами. Алахирь — одна из них.

Сословная принадлежность основателя рода Алахиревых, скорее всего, невысокая. В среде дворянства и купечества такие сильно изменённые варианты канонических имен встречаются реже: там старались держаться ближе к официальной форме. Зато в крестьянской и мещанской среде Алахирь — вполне вероятное прозвище или обиходное имя.

С точки зрения ономастики, фамилия Алахирева стоит в ряду таких же «сокращённых» фамилий, как Алефиров, Елефериев или Олефиров. Все они восходят к одному источнику — Елевферию, но разошлись по разным говорам. Форма с начальным А- (Алахирь вместо Олефир) указывает на северное или восточное влияние: в этих диалектах аканье закрепилось сильнее.