Фамилия Алайцева — женская форма, а мужской вариант — Алайцев. Словообразовательная модель проста: к основе «Алаец» добавляется суффикс принадлежности -ев (в мужском роде — -цев). Буквально это значило «сын Алайца» или «человек из семьи Алайца». Такая патронимическая модель — самая распространённая в русских фамилиях, и в массе своей фамилии на -ев и -ов закрепились за крестьянами и посадскими людьми в XV–XVII веках, когда составлялись писцовые книги и переписи.

Основа фамилии, Алаец, почти наверняка восходит к прозвищу или мирскому имени. Самое прямое и правдоподобное объяснение — связь со словом «алай» или «алая». В старых русских говорах, особенно на юге и западе, «алаем» называли шумную толпу, ватагу, гурьбу. «Алай» — это и крик, гам, содом. Прозвище Алаец мог получить крикливый, шумный человек, заводила или, наоборот, тот, кто постоянно попадал в суматоху. Именно эта версия — от бытового прозвища — выглядит наиболее убедительной, потому что для фамилий на -цев типично образование именно от прозвищ, а не от географических названий.

Менее вероятная, но тоже возможная версия — от тюркского «ала» (пёстрый, рябой) или от названия реки Алай (есть в Пермском крае и других регионах). В таком случае прозвище могло указывать на внешность (рябой, пёстрый) или на место жительства (с Алая). Однако топонимические фамилии чаще оформляются суффиксом -ский, поэтому эта гипотеза слабее.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и южных областях России, а также среди казачества — там, где были живы говоры со словом «алай». Сравните с однокоренными фамилиями Алаев, Аланин, Алайников — все они образованы от тех же корней, но с разными суффиксами. Алайцева — одна из самых редких в этом ряду. Носителей мало, а значит, велика вероятность, что все они — потомки одного общего предка, получившего прозвище Алаец несколько столетий назад. Для семейной истории это делает фамилию особенно ценной: чем меньше ветвей, тем проще проследить свою.