Фамилия Алдукаева — женская форма, мужской вариант — Алдукаев. Её разбор сразу упирается в редкое окончание -аев, которое встречается нечасто. В русской ономастике этот суффикс обычно указывает на тюркское происхождение основы: фамилии на -аев часто образованы от тюркских личных имён или прозвищ. Исходное имя Алдукай (или Алдука) — скорее всего, диалектная или уменьшительная форма от арабского имени Алдун (вариант Алтын), что значит «золото». В тюркских языках «алтын» — золото, а суффикс -кай/-ка уменьшительно-ласкательный, так что Алдукай можно перевести как «золотце», «золотой».

Другая версия, менее вероятная, но тоже возможная: основа от тюркского «алды» — «взял», «приобрёл». Тогда прозвище Алдукай могло означать «тот, кто взял» — например, удачливый воин или добытчик. Однако первый вариант с «золотом» выглядит убедительнее, потому что такие «драгоценные» имена были распространены у тюркских народов как пожелание богатства и удачи.

География фамилии узкая. Алдукаевы встречаются в основном на Северном Кавказе, особенно в Чечне и Ингушетии, реже — в Дагестане и среди кумыков. Это указывает на вайнахские или кумыкские корни. Фамилия могла попасть в русский язык через метрические записи XIX века, когда горцев записывали по отчеству с русскими суффиксами.

В отличие от массовых фамилий на -ов, -ев или -ин, Алдукаева сохраняет редкую модель. По сути, это отчество от тюркского имени, которое почти не встречается в современном именослове. Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Алтынбаев, Алтынбеков — того же поля, но с другими суффиксами. У Алдукаева суффикс -аев указывает на более древнюю, возможно, дореволюционную фиксацию, когда адаптация тюркских имён шла без дополнительных наращений.

Сословно носители фамилии в основном относились к свободным горцам, а не к дворянству или крепостным крестьянам. В XIX веке многие из них служили в казачьих или милицейских формированиях Российской империи. Никаких громких исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано, что типично для региональных фамилий, не попавших в общероссийские справочники.