Фамилия Аленушкина образована от имени, но вот от какого именно — тут есть варианты. Самый очевидный и распространённый путь: в основе лежит ласкательная форма Аленушка от имени Алена. Алена, в свою очередь, это народный, просторечный вариант греческого канонического имени Елена. Греческое helenos переводят двояко: «светлая, сверкающая» или «огненная» (связывают с солнечным светом или с факелами в честь богини Селены). По этой версии фамилия — женская по происхождению: ее получили потомки женщины, которую в семье звали Аленушкой.

Менее очевидная, но лингвистически допустимая версия: Аленушка могла быть старинной уменьшительной формой мужских имен Александр («защитник людей») или Алексей («защитник, помощник»). В этом случае основатель рода — мужчина, носивший такое домашнее прозвище. Обе версии сходятся в одном: носители фамилии, скорее всего, выходцы из рабочей или крестьянской среды, где в быту широко пользовались уменьшительными именами, которые позже закреплялись как фамилии.

Фамилия недвусмысленно указывает на женское имя в основе, что для русских фамилий редкость: обычно «женские» фамилии (на -ин) образуются от мужских прозвищ. Здесь же суффикс -ин присоединен прямо к женскому имени Аленушка, что говорит о том, что прозвище или имя матери (или жены) стало родовым. Окончательно определить, по какой из версий пошла конкретная ветвь рода, можно только через генеалогические разыскания в конкретной местности.