Фамилия Алфионов — редкий случай, когда церковное имя перешло в фамилию почти без изменений, но с неожиданным суффиксом. В основе лежит каноническое имя Алфий (греч. Alphaios, от еврейского «замена, смена»). В святцах это имя носил апостол Алфей, отец евангелиста Матфея. Однако в русской традиции имя Алфий встречалось редко, чаще в форме Алфей или усеченное Алф.

Фамилию образовали не от полной формы, а от просторечного варианта Алфион. Суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Алфиона» или «из дома Алфиона». Обычно такие фамилии закреплялись за людьми, чьи отцы или деды носили это имя. Но здесь есть особенность: суффикс -он в основе (Алфион) мог появиться под влиянием греческого окончания -ων, которое в русской среде переосмыслили как уменьшительно-ласкательное или пренебрежительное. То есть Алфион — это не столько полное имя, сколько бытовое, «домашнее» прозвище человека по имени Алфий.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южным губерниям России, где имя Алфий встречалось чаще, особенно в среде духовенства и купечества. Встречаются единичные записи в Тамбовской, Рязанской, Воронежской областях. В дворянских родословных книгах Алфионовы не отмечены — фамилия оставалась в основном в мещанском и крестьянском сословии.

Интересно, что фамилия Алфионов не имеет ничего общего с греческим словом «алфа» (первая буква) или с «альфа-самцом», как иногда ошибочно думают. Это чисто патронимическая фамилия, и её носители — потомки человека по имени Алфий, скорее всего, связанного с церковной средой или просто крестьянина, получившего имя по святцам. Сегодня фамилия крайне редка, что делает её своеобразным маркером: если вы Алфионов, ваши предки с большой вероятностью жили в узком регионе и сохраняли редкое имя в роду несколько поколений.