Фамилия Алимеева — редкая, и её разговор с русской фамильной системой сразу выдаёт не славянскую, а тюркскую или кавказскую подоплёку. Основа здесь — имя Алиме, которое само по себе редкость для русских антропонимических словарей. Скорее всего, оно восходит к арабскому «алим» (знающий, учёный), но через тюркское посредничество превратилось в женскую форму Алимә. В татарском и башкирском это распространённое женское имя со значением «образованная», «учёная». Фамилия Алимеева, таким образом, — отчество по матери, что для русской традиции, где фамилии обычно строили от мужских имён, нестандартно, но закономерно в регионах с сильным исламским влиянием и многонациональным составом.

Суффикс -ев, а не -ов, ставится после мягких и шипящих согласных, и здесь он на месте: основа оканчивается на -е. Если бы имя было Алим, мы получили бы Алимов. Форма Алимеева прямо указывает, что имя-основа было женским или уменьшительным. Ещё одна деталь, которую легко пропустить: написание с двумя «е» подряд (Алимеева) фиксирует полную форму имени, без стяжения. В разговорной речи или в старых документах такой вариант могли сократить до Алимова, но сохранение двойного гласного — признак поздней письменной фиксации, вероятно, в метрических книгах XIX — начала XX века.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью, Приуралью и Северному Кавказу — тем местам, где женские имена с окончанием -е (Газизе, Кариме) давали начало фамилиям на -ев. Можно вспомнить и альтернативную версию: у некоторых народов Дагестана есть мужское имя Алимей, производное от Алим. Тогда фамилия стала бы отчеством от отца. Но женская версия правдоподобнее: в тюркской среде фамилии от женских имён встречаются реже, но именно они часто выглядят как Алимеева, а не Алимов, подчёркивая исходную форму. Носитель такой фамилии — потомок женщины по имени Алиме, что для русской антропонимии необычно, но объяснимо в контексте межкультурного взаимодействия.