Фамилия Алимходжаев — один из ярких примеров сложения двух основ, пришедших в русский язык из мусульманского ономастикона Центральной Азии. В ней слились арабское имя Алим (от корня «алим» — знающий, учёный, один из эпитетов Аллаха) и почётный титул ходжа (в персидской и тюркской среде — господин, потомок пророка или просто уважаемый человек, купец). Таким образом, Алимходжа — это составное личное имя, которое можно перевести как «учёный ходжа» или «знающий господин». Фамилия же образована по русской модели прибавлением суффикса -ев, который указывает на принадлежность: «сын Алимходжи».

Географически фамилия тяготеет к Узбекистану, Таджикистану и южным регионам Казахстана — областям, где было распространено составление имён из двух смысловых частей. В русской среде она закрепилась относительно поздно, в советское время, когда при документальном оформлении паспортов фамилии окончательно унифицировали по русским патронимическим шаблонам. Интересно, что в оригинале ударение в фамилии может падать на последний слог (Алимходжа́ев), что свойственно восточным заимствованиям, но в русском быту часто смещается на третий слог (Алимхо́джаев) — по аналогии с привычными фамилиями на -ев.

С точки зрения социального контекста, носители этой фамилии — потомки людей, чьи предки, вероятно, имели отношение к духовенству, торговле или городской аристократии (поскольку титул «ходжа» чаще давался не простым земледельцам). Однако в XX веке фамилия стала общераспространённой, и сегодня её обладатели — люди самых разных профессий. Среди однокоренных вариантов встречаются написания Алимходжаев, Алимходжиев, а также более редкая форма Алимходжаев-оглы (с тюркским указанием на отцовство).