Фамилия Алиходжаева ведет свое начало от двух мусульманских мужских имен: Али и Ходжи. Собственное имя Алей (в русской транскрипции - Али) в переводе с арабского означает "высокий, возвышенный, человек высокого звания, высокого достоинства". Ходжа - с древнеиранского переводится как "господин, наставник", в персидском имеет множество значений: хозяин, учитель и т. д.; в текстах XIII— XIV вв. чаще всего встречается значение "чиновник"; с этим словом совпала персидская передача тюркского слова "коджа" старик. Его присваивали себе также представители крупной буржуазии, суфийские шейхи в Средней Азии, на Индо-Пакистанском субконтиненте, в Иране. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Алиходжаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.