Фамилия Алиходжаева образована сложением двух арабско-персидских имён: Али и Ходжа. Имя Али (араб. «высокий, возвышенный, человек высокого достоинства») — одно из ключевых в исламском мире, имя зятя пророка Мухаммеда. Вторая часть — Ходжа — слово с долгой историей. С древнеиранского оно переводится как «господин, наставник», а в персидском языке обросло множеством значений: от «хозяин» и «учитель» до «чиновник» (в текстах XIII–XIV веков). В Средней Азии это слово совпало с тюркским «коджа» (старик), и его присваивали себе суфийские шейхи, крупные купцы и духовные наставники.

Модель образования фамилии — типичная для восточных фамилий, адаптированных русским суффиксом -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных). Женская форма Алиходжаева указывает на принадлежность к роду, главу которого звали Алиходжа. По сути, это отчество в третьем поколении, застывшее в качестве фамилии: «дочь/жена Алиходжи».

Процесс закрепления подобных фамилий у мусульманских народов Российской империи был длительным и неравномерным. Чаще всего они фиксировались в конце XIX — начале XX века при переписях или в метрических книгах. Точное место и время возникновения рода Алиходжаевых можно установить только через генеалогические разыскания, но географически фамилия тяготеет к регионам с сильным персидским и тюркским влиянием — Средняя Азия, Татарстан, Кавказ.

Редкость фамилии в том, что она сохранила двойную арабско-персидскую основу без редукции: в отличие от многих составных фамилий (вроде Алиевых или Ходжаевых по отдельности), Алиходжаева не потеряла ни одного корня. Это говорит о том, что носители дорожили обоими компонентами как указанием на высокий социальный или духовный статус предка.