Фамилия Алиходжина образована от составного мужского арабского имени Али-Ходжа (Алиходжа). Соединение двух имён в одно — характерная для тюркских и исламских культур модель, где каждое из них несёт самостоятельный смысл. Имя Али (араб. «высокий, возвышенный») — одно из ключевых в исламе, его носил зять пророка Мухаммеда. Вторая часть, Ходжа, восходит к древнеиранскому «хваджа» — «господин, наставник, хозяин». В персидском и тюркских языках у этого слова сложилась густая сеть значений: от «учителя» и «чиновника» (в документах XIII–XIV веков) до «старика» (благодаря созвучию с тюркским «коджа»). В Средней Азии и Иране титул «ходжа» присваивали себе суфийские шейхи и представители крупной буржуазии, что придавало имени социальный вес.

Суффикс -ин в фамилии Алиходжина указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Алиходжи». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён на -а, -я. В данном случае она наложилась на двусоставное мусульманское имя, которое в русской среде воспринималось как цельная основа. Мужской вариант — Алиходжин.

Поскольку фамилия встречается редко и несёт явный восточный след, её носители, вероятно, происходят из регионов с сильным татарским, башкирским или среднеазиатским влиянием — Поволжья, Урала или Закавказья. Точное время возникновения рода Алиходжиных установить сложно: фамилии у мусульманских народов России закреплялись в разное время, от XVIII до начала XX века, часто — после переписей и введения всеобщей воинской повинности. Окончательные выводы о месте и дате появления конкретной ветви возможны только по итогам генеалогического исследования архивов.