Фамилия Алихуджин — один из тех редких случаев, когда в русском родовом имени сохранилась почти нетронутой арабская основа, а русский суффикс лишь слегка «обрусел» её. Разберёмся по порядку.

В основе фамилии лежит арабское имя Али-Худжа (Али Худжа). Первая часть — Али (имя халифа, зятя пророка Мухаммеда, одно из самых распространённых мусульманских имён). Вторая часть — «худжа» (от араб. حجة — «доказательство», «довод», «аргумент»; в исламской традиции это также титул учёного-богослова, способного привести неопровержимые доводы в споре). Таким образом, Али-Худжа — имя-титул: «Али — доказательство» или «довод Али». Носитель такого имени, скорее всего, происходил из семьи, где ценили религиозную образованность, или же сам был человеком, сведущим в богословии.

Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алихуджин, то есть сын, потомок Али-Худжи. Фамилия образована по классической русской модели от полной формы имени, без усечения. Это характерно для фамилий, которые складывались в среде, где имя отца было понятным и значимым для окружающих — например, в татарской, башкирской или кавказской среде, но уже в условиях Российской империи, когда требовалось закрепить родовое прозвание.

Вероятная география фамилии — регионы с традиционным исламом и смешанным тюрко-иранским населением: Поволжье (Татарстан, Башкортостан), Северный Кавказ (особенно Чечня, Ингушетия, Дагестан), а также Закавказье. Встречаются варианты написания: Алиходжин, Али-Худжин, но форма Алихуджин — наиболее «обрусевшая», с утратой дефиса и слитным написанием.

Словообразовательно фамилия уникальна: русский суффикс -ин присоединён к арабскому имени-титулу, который сам по себе — двусоставная конструкция. В русском ономастиконе это редкость. Сравните с более частыми Алиевым (от Али) или Худжиевым (от Худжа) — здесь же оба корня слиты воедино, что говорит о том, что прозвище Али-Худжа было устойчивым, неразложимым в сознании окружающих.