Фамилия Алихуджаев — яркий пример того, как в русской записи закрепилась арабо-персидская именная модель. В основе лежит составное личное имя Алихуджа (Али-Ходжа), где первая часть — Али (араб. «высокий», «возвышенный», а также имя зятя пророка Мухаммада), а вторая — персидское ходжа (худжа, «господин», «хозяин», «наставник», «богатый купец»). В тюрко-исламской среде имя Ходжа часто указывало на принадлежность к духовенству или купеческому сословию, а в сочетании с Али подчеркивало почёт и религиозный авторитет.

Русский суффикс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного) указывает на патронимическое происхождение: «сын Алихуджи». Фамилия образована напрямую от полного имени, без промежуточного прозвища, что типично для многих фамилий народов Средней Азии и Кавказа, адаптированных в русской документации в XIX–XX веках. Словообразовательная модель здесь необычна: в отличие от фамилий на -ов/-ев от односложных основ (например, Алиев), финальная часть «ходжа» перешла в русскую запись целиком, без усечения, что сохранило структуру исходного имени. Близкие по модели фамилии — Худжаев, Алиходжаев, Ходжаев, но Алихуджаев встречается заметно реже, чем, скажем, Алиев, что делает её более локальной и исторически конкретной.

Географически фамилия Алихуджаев наиболее характерна для Узбекистана, Таджикистана и южных регионов Казахстана, где распространены имена с компонентом «ходжа». В России встречается редко, в основном в среде выходцев из этих регионов. Учитывая, что «ходжа» — не только имя, но и социальный маркер, предки носителя фамилии могли быть уважаемыми торговцами, религиозными учителями или потомками суфийских шейхов. Однако в советское время фамилия утратила сословную окраску и стала просто наследственным родовым именем.