Фамилия Алихуджина — редкий случай, когда женская форма закрепилась в качестве основной в официальных документах, а мужской вариант (Алихуджин) встречается реже. Это сразу говорит о том, что перед нами не древняя боярская или дворянская фамилия, а относительно позднее образование, которое могло фиксироваться в метрических книгах уже по женской линии, например, если родоначальником был выходец из мусульманской среды, а запись делали по матери-вдове.

Основа фамилии — арабское имя Алихуджа. Оно составное: «Али» (высокий, возвышенный, одно из имён Аллаха и имя зятя пророка Мухаммеда) и «худжа» (от арабского «худжжат» — довод, доказательство, уважаемый человек, знаток). В мусульманской традиции «худжа» — это религиозный авторитет, тот, кто приводит неоспоримые аргументы в споре о вере. Таким образом, Алихуджа — это «высокий довод» или «уважаемый Али», имя, указывающее на глубокую религиозность или учёность предка.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Алихуджин, то есть сын или потомок Алихуджи. Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён, прозвищ и профессий, но в данном случае она «приросла» к восточному имени. В Поволжье и на Урале, где фамилии татарского и башкирского происхождения нередко русифицировались именно через суффикс -ин (сравните: Амиров → Амирин, но чаще — напрямую Алиев), Алихуджина могла возникнуть в среде крещёных татар или в смешанных русско-татарских семьях.

Географически фамилия тяготеет к регионам с традиционно сильным татарским и башкирским населением: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область. Встречается она крайне редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска — носители, скорее всего, являются родственниками в пределах нескольких поколений. Если ваш предок носил имя Алихуджа, он мог быть муллой, учителем в медресе или просто глубоко верующим человеком, получившим это имя при рождении как благословение.