Фамилия Алиходжин — сравнительно редкая, и её разговор стоит начать с необычной модели образования. В ней сочетаются арабское имя Али и тюркский титул ходжа (хозяин, наставник, господин), что даёт сложное составное имя Али-Ходжа. Русский суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — «Алиходжин», то есть сын или потомок человека по имени Алиходжа. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде татарского, башкирского или кавказского мусульманского духовенства и купечества, где было принято давать детям двусоставные имена с религиозным или почётным значением.

Основа фамилии — Али-Ходжа — сама по себе говорит о социальном статусе предка. Имя Али (высокий, возвышенный) — одно из ключевых в исламе, имя зятя пророка Мухаммеда. Титул ходжа в тюркской и иранской традиции носили люди, совершившие хадж, либо учителя, проповедники, зажиточные торговцы. Соединение двух таких компонентов могло означать либо родовое имя (предок был уважаемым человеком, которого так и звали — Али-Ходжа), либо прозвище, данное за благочестие или богатство.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным татарским и кавказским влиянием — Поволжье, Урал, Азербайджан, Дагестан. Встречается она и у крымских татар. В русских документах XIX века такие фамилии нередко записывали с вариациями: Алиходжин, Алиходжев, Алиходжиев. Форма на -ин могла закрепиться под влиянием русской бюрократической традиции: в списках казаков, мещан или крестьян неудобное для русского уха окончание -а часто заменяли на -ин.

Стоит отметить, что фамилия не имеет отношения к фамилиям, образованным от профессий или прозвищ на -ин (вроде Плотников или Козлов). Здесь мы имеем дело с патронимом от составного имени, что встречается реже. Это же делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Алиходжин, ваш предок почти наверняка был мусульманином и носил имя Алиходжа — либо как личное, либо как почётное прозвание.