Фамилия Айходжаева образована от мужского имени Айходжай. В основе лежат два корня: тюркское «ай» — «луна, месяц» и персидское «ходжа» — «хозяин, господин, наставник». Дословно имя Айходжай можно перевести как «господин, подобный месяцу» или «хозяин такой же красивый, как месяц». В тюркской и мусульманской традициях сравнение с луной — устойчивый комплимент внешности, поэтому имя давали с пожеланием, чтобы мальчик рос не только красивым, но и умным, добрым и заботливым.

Фамилия образована по стандартной для русского языка модели: к основе Айходжа- добавлен женский суффикс -ев- и окончание -а. Такое окончание указывает, что исходная форма фамилии — Айходжаев, а Айходжаева — это вариант, который носят женщины. Суффикс -ев- типичен для русских фамилий, образованных от основ на мягкий согласный или -й, и в этом случае он закрепился за тюркским именем.

С географической точки зрения фамилия Айходжаева распространена в Средней Азии, особенно в Узбекистане, Таджикистане и южных регионах Казахстана. В России она встречается редко, в основном у потомков переселенцев из этих регионов. Фамилия несёт в себе указание на социальный статус: компонент «ходжа» в имени традиционно подчёркивал принадлежность к уважаемому роду, возможно, потомков духовных лиц или купцов. Однако точное место возникновения и конкретное сословие предков можно установить только через генеалогические разыскания, так как процесс закрепления фамилий у разных народов шёл неравномерно и в разное время.