Фамилия Айходжаева образована от мусульманского имени Айходжай, которое восходит к двум тюркско-персидским основам: «ай» - «месяц» и «ходжа» - «хозяин». Таким образом, имя Айходжай переводится как «хозяин такой же красивый, как месяц». Вероятно, нарекая ребенка таким именем, родители желали, чтобы он рос умным, добрым, заботливым, хорошим мальчиком. Процесс формирования фамилий был достаточно длительным, поэтому окончательно говорить о точном месте и времени возникновения рода Айходжаевых можно лишь на основании генеалогических исследований.