Фамилия Айходжаев образована от мусульманского имени Айходжай, которое восходит к двум тюркско-персидским основам: «ай» - «месяц» и «ходжа» - «хозяин». Таким образом, имя Айходжай переводится как «хозяин такой же красивый, как месяц».