Фамилия Айходжаев происходит от сложного мусульманского имени Айходжай. В его основе лежат два корня: тюркское «ай» (луна, месяц) и персидское «ходжа» (господин, хозяин, наставник). Прямое значение — «господин, подобный луне», то есть человек, чья красота или достоинство сравнимы с сиянием месяца.

Имя Айходжай, а затем и фамилия Айходжаев, бытует преимущественно среди народов, исторически испытавших сильное тюркское и персидское влияние — узбеков, таджиков, отчасти уйгуров. Суффикс -ев указывает на русскую адаптацию фамилии, типичную для документов XIX–XX веков, когда фамилии мусульманских народов записывались по русской модели приписки: «чей?» — «Айходжаев», то есть сын или потомок Айходжи.

Особенность этой фамилии в том, что компонент «ходжа» в имени указывает не просто на владельца, а на социальный статус. В Средней Азии ходжами называли потомков пророка Мухаммеда или, шире, уважаемых религиозных наставников, купцов и землевладельцев. Поэтому предки носителей фамилии Айходжаев, скорее всего, принадлежали не к крестьянскому сословию, а к духовенству или торговой знати.

Сравните с однокоренными фамилиями: Ходжаев (без лунного компонента), Аймуратов, Айтматов. В них общая основа «ай» несёт тот же смысл «лунный, светлый», а «ходжа» отличает Айходжаевых как потомков обладателя почётного титула. Встречаются два варианта написания: через е (Айходжаев) и, реже, через ё (Айходжоев). Первый вариант закрепился в паспортных записях как более привычный для русского уха.