Фамилия Айхожаев построена необычно: она сохранила обе части составного тюркского имени, не отбросив первую, как часто бывает. Основа — мужское имя Айхожа, где «ай» значит «луна» или «месяц», а «хожа» (вариант «ходжа») восходит к персидскому «хваджа» — почётный титул, которым в среднеазиатском мире называли купцов, духовных наставников и просто уважаемых людей. В тюркских языках «ай» нередко выступает поэтическим компонентом со значением «красивый, светлый, как луна». Складываясь, получаем «лунный господин» или «светлый наставник» — имя с явно возвышенной окраской.

Русский патронимический суффикс -ев, добавленный к основе, указывает на принадлежность: «сын Айхожи». Ударение, скорее всего, падает на предпоследний слог — Айхожáев, хотя в устной речи возможны колебания. Фамилия сохранила начальное «ай» без редукции, что говорит о сравнительно позднем оформлении, когда письменная фиксация уже стала строже, и имя не успело «обкататься» до короткой формы.

Географически Айхожаев чаще всего встречается в Казахстане, Узбекистане и среди каракалпаков с киргизами. В России она редка и локализована в регионах с сильным тюркским влиянием — Оренбургской и Астраханской областях. Носители фамилии в прошлом могли принадлежать к духовному сословию или купечеству, но не стоит исключать, что имя Айхожа давали и как благопожелательное, без привязки к реальному статусу.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Ходжаев, Хожаев, Айходжин) показывает, что вариант Айхожаев — один из самых прозрачных по составу: он не оброс дополнительными тюркскими суффиксами, а сразу получил русское окончание. Это делает его удобным для этимологического разбора, но одновременно и редким: большинство носителей предпочли форму Ходжаев, опустив «ай». Так что Айхожаев — фамилия, которая чётко сохранила имя предка во всей его двусоставной красоте.