Фамилия Айтходжаев — яркий пример того, как русский суффикс «натурализовал» восточное имя, превратив его в фамилию, привычную для уха жителя постсоветского пространства. Её основа — составное мусульманское имя Айтходжа, которое, в свою очередь, состоит из двух тюркско-арабских корней. Первый корень, «айт», восходит к тюркскому слову «айт» (или «айд») — «праздник», «торжество». Второй — «ходжа» (араб. «хваджа») — почётный титул, означающий «господин», «наставник», «хозяин», а в Средней Азии также потомка пророка или состоятельного купца. Таким образом, имя Айтходжа буквально переводится как «праздничный господин» или «господин праздника» — скорее всего, так назвали мальчика, родившегося в день крупного мусульманского торжества (например, Курбан-айта или Ураза-байрама).

Фамилия образована по классической для Российской империи модели: к основе «Айтходжа» добавили русский патронимический суффикс «-ев», указывающий на принадлежность («сын Айтходжи»). Это говорит о том, что предок носителя фамилии жил на территории, где русская администрация активно адаптировала местные имена под свои стандарты документооборота — скорее всего, в Туркестанском крае (современные Узбекистан, Казахстан, Кыргызстан) во второй половине XIX — начале XX века. В отличие от многих русских фамилий на «-ов», которые произошли от прозвищ или профессий, здесь мы имеем дело с «застывшим» личным именем: первый Айтходжаев — это буквально «сын человека по имени Айтходжа».

Интересно, что фамилия сохранила двойную этимологию: «ходжа» — это арабское заимствование, проникшее в тюркские языки через ислам, а «айт» — исконно тюркский элемент. Это делает Айтходжаевых носителями фамилии, в которой сплелись две культурные традиции. Встречается она преимущественно среди народов Центральной Азии, особенно у казахов и узбеков, где имя Айтходжа (варианты — Айтходжа, Айтходжa) было довольно популярным. В русскоязычной среде фамилия редкая и почти всегда указывает на среднеазиатские корни семьи.

С точки зрения социального контекста, наличие компонента «ходжа» в основе намекает на то, что предок мог принадлежать к уважаемому сословию — духовному (потомки пророка) или торговому. Однако со временем фамилия утратила сословную окраску и стала просто родовым именем. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Айтхо́джаев, хотя в бытовой речи возможны колебания.

Если присмотреться к суффиксу «-ев», а не более типичному для тюркских фамилий «-ов», заметна особенность: он присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или шипящий. В случае с Айтходжаевым конечное «а» имени отбросили, и суффикс встал прямо на «дж» — звук, который в русской фонетике смягчается, отсюда и «-ев». Такая деталь выдает руку писаря, который механически применял правила великорусского языка к чужому имени, не задумываясь о его внутренней форме. В документах Туркестанского генерал-губернаторства можно встретить и ранние варианты написания — через «Аитходжаев» или с буквой «ѣ» на месте «е», что лишний раз подтверждает: фамилия родилась в канцелярии, а не в устной традиции.