Фамилия Алинченко — образец украинской модели словообразования, где суффикс «-енко» стал главным маркером происхождения. В украинской ономастике этот суффикс изначально указывал на потомка, сына или ученика человека, чьё имя или прозвище легло в основу. В данном случае основа — «Алин» — краткая, обиходная форма крестильного имени.

Самое вероятное происхождение — от имени Александр. В народной речи оно давало множество сокращений: Саша, Шура, Саня, а также Аля, Алик, Алин. Форма «Алин» как уменьшительное от Александр встречалась в украинской и южнорусской среде, особенно в XIX веке. Алинченко — буквально «сын Алина», то есть потомок человека, которого в быту звали Алин в значении Александр. Это объяснение логично вписывается в общую массу фамилий на «-енко», образованных от народных форм канонических имён.

Менее распространённая версия — связь с женским именем Алина. Однако в традиционной патронимической модели фамилии редко образовывались напрямую от женских имён, если только речь не шла о прозвище по матери. В случае с Алинченко такая версия слабее: суффикс «-енко» исторически указывает на отцовство, а не на материнство. Скорее всего, женское имя Алина просто совпало по звучанию с мужским сокращением.

С точки зрения географии, фамилия характерна для центральных и восточных областей Украины, а также для юга России, куда происходили массовые переселения украинских крестьян и казаков в XVIII–XIX веках. Встречается она и в Беларуси, но реже. Сословный состав носителей был преимущественно крестьянским и казачьим — фамилии на «-енко» в массе своей принадлежали свободным земледельцам и мещанам, а не дворянству.

В написании фамилии обращает на себя внимание отсутствие чередования согласных: основа «Алин» + «-енко» даёт «Алинченко», а не «Алищенко» или «Аличенко». Это указывает на то, что фамилия закрепилась в письменной форме уже после того, как утратилась живая связь с исходным именем, и её записывали «как слышится», без фонетических изменений, характерных для украинского языка. Такая орфографическая устойчивость — дополнительный штрих к истории фамилии: её носители, скорее всего, были грамотны или имели дело с официальными документами, где форму зафиксировали раз и навсегда.