Фамилия Алисаева — женская форма фамилии Алисаев, и её происхождение напрямую связано с мужским именем или прозвищем Алисай. Чтобы понять корни, нужно разобрать основу. Имя Алисай — это, скорее всего, народная, разговорная форма от канонического крестильного имени Елисей. В русской языковой среде имя Елисей, восходящее к древнееврейскому Элиша («Бог — спасение»), часто видоизменялось: через чередование гласных (Елисей — Алисей) и с добавлением типичного для уменьшительно-ласкательных форм суффикса -ай. Так Елисей превращался в Алисая, а отчество от него — в фамилию Алисаев.

Суффикс -ев указывает на принадлежность: Алисаев буквально означал «сын Алисая» или «потомок Алисая». Такая модель образования — одна из самых распространённых в русской фамильной системе, но в данном случае интересна именно основа: она не от полного имени, а от его просторечного, «домашнего» варианта. Это говорит о том, что предок носителя фамилии в быту звался не торжественно Елисеем, а по-свойски — Алисаем.

Географически фамилия Алисаева редкая и тяготеет к регионам, где исторически была сильна традиция народных форм церковных имён. Встречается в документах по Северному Кавказу (например, в Дагестане, Чечне, Ингушетии) и в южных областях России. В этих местах имя Алисай могло бытовать и как самостоятельное, независимое от церковного Елисея, иногда под влиянием тюркских или кавказских языков, где созвучные имена (Али, Алихан) широко распространены. Однако этимологически версия с Елисеем остаётся основной, так как суффикс -ай в русских именах (Михай, Андрей, Сергей — уменьшительные от Михаил, Андрей, Сергей) — классический признак именно славянской адаптации.

Таким образом, фамилия Алисаева — не просто «дочь Алисы», как могло бы показаться на первый взгляд, а потомок человека, носившего сокращённое имя от библейского Елисея. В ней сохранился след живой народной речи, где церковное имя обрело бытовое, уютное звучание.