Фамилия Алиса — редчайший случай в русской ономастике. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, она не образована от крестильного имени, прозвища или профессии предка. Её происхождение напрямую связано с литературой и модой на западные имена, которая возникла в XIX веке.

Корень фамилии — женское имя Алиса. В России это имя долгое время было неканоническим, то есть отсутствовало в святцах. В дворянской среде его давали детям в честь европейских родственников или под влиянием культуры (например, после выхода «Алисы в Стране чудес» Льюиса Кэрролла). Однако фамилия Алиса — не дворянская. Модель образования здесь нетипична: суффикс -а (женское окончание) указывает на то, что фамилия не склоняется по мужскому роду, как, скажем, Иванов или Смирнов. Это говорит о её позднем, искусственном происхождении.

Скорее всего, фамилия Алиса появилась в среде крестьян или мещан в конце XIX — начале XX века. Как? Один из вариантов: при переписи населения или оформлении документов чиновник записал женщину по её имени, не добавляя типичного отчества или суффикса. Например, вдову Алису могли записать как «Алиса», и это закрепилось за её детьми. Другой вариант — фамилию дали в детском доме или приюте, где ребёнку присваивали имя, ставшее фамилией.

Встречается фамилия крайне редко, в основном в центральной России и Поволжье. Географической привязки к одному уезду нет — это признак того, что фамилия не укоренилась в каком-то одном роду, а возникала спорадически. Поскольку основа — женское имя, фамилия Алиса может указывать на то, что родоначальником был человек, которого в быту звали исключительно по имени (возможно, незаконнорождённый ребёнок или приёмыш).

Отдельно стоит заметить: фамилия Алиса не имеет отношения к арабскому имени Алиса (производному от Али) или к греческому слову «алисос» (цепь). Это чистый европеизм, адаптированный русской бюрократией.