Фамилия Алисова происходит от крестильного имени Елисей, которое имеет древнееврейские корни и в переводе с греческого означает «желанный», «чудесный» или «красивый». В народной, разговорной среде это имя приобрело форму Алисей или сокращённо Алис — именно она и легла в основу фамилии. Такое стяжение — типичный для русской ономастики процесс: длинные церковные имена в быту укорачивали, а затем от этих обиходных вариантов образовывали фамилии с помощью суффикса -ов.

С точки зрения словообразовательной модели фамилия Алисова — притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?». Первоначально Алисов означало «сын Алиса» или «потомок Алиса». Суффикс -ов указывает на принадлежность к роду, что характерно для большинства русских фамилий, образованных от полных или уменьшительных форм имён.

Исторически известен дворянский род Алисовых (в старину писались также Алесовы и Олесовы). Его родоначальником считается Пётр Васильевич Алисов, который в 1621 году получил поместья в Мценском уезде. Этот род был внесён в VI часть родословных книг Воронежской, Курской, Орловской и Тверской губерний — а это значит, что его признали древним дворянством, восходящим к допетровским временам. Таким образом, фамилия не была распространена среди крестьян или посадских людей, а закрепилась за служилым сословием.

Любопытно, что в основе фамилии лежит именно форма Алис, которая встречается реже, чем, скажем, Елисеев или Елисов. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии происходили из местности, где прижился именно такой вариант произношения имени. Географическая привязка к Мценскому уезду (территория современной Орловской области) указывает на южнорусские говоры, для которых характерно «аканье» и упрощение начальных гласных.