Фамилия Альисова — редкий случай, где написание через «а» не связано с украинской или белорусской традицией, а объясняется русской фонетикой. В фамилиях на -ов/-ев основа обычно оканчивается на согласный или -й, но здесь мы видим «Альис-», что сразу наводит на мысль: исходное имя или прозвище звучало как Алис, Алиса или Альис. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Алисов, образованной от женского имени Алиса или его разговорной формы.

В крестьянском быту детей нередко записывали по материнскому имени — так фамилия могла закрепиться за внебрачным ребенком или человеком, которого воспитывала мать-одиночка. Мягкий знак в корне (Альис-) указывает на диалектное произношение: в некоторых регионах, особенно на юге и западе России, «л» перед «и» смягчали, отсюда и написание. Суффикс -ов- работает по стандартной модели принадлежности: «чей сын?» — Альисов, то есть сын Альисы.

Другая, менее распространенная версия связывает фамилию с тюркским именем Али (от арабского «высокий, возвышенный»), но в таком случае ожидалась бы форма Алисов, а не с мягким знаком. Появление «ь» в корне — скорее русское фонетическое явление, чем тюркское влияние. В пользу этого говорит и ареал: основная встречаемость фамилии — центральные и южные области России, где были сильны диалектные черты. В дореволюционных метрических книгах фамилию могли записывать по-разному: Алисова, Алисова, Альисова — в зависимости от грамотности писаря и местного говора. Сословной привязки нет: носители фамилии могли быть и крестьянами, и мещанами, но в дворянских родословных книгах она не фиксируется. Встречаемость фамилии крайне низкая, что делает её интересным объектом для локального генеалогического поиска.