Фамилия Алисин — яркий пример метронимической фамилии, то есть образованной не от имени отца, а от имени матери. В основе лежит женское имя Алиса. Это довольно редкий случай: большинство русских фамилий образуется от мужских имён, поэтому Алисин стоит особняком и говорит о том, что в роду была женщина по имени Алиса, чьи дети или внуки закрепили её имя как родовое.

Имя Алиса имеет долгую историю. Оно пришло в русский язык из французского, где было сокращением от Adelaide. Само же Adelaide восходит к древнегерманскому имени Adalheid (Adelheid), которое складывается из двух корней: adal («благородный, знатный») и heid («вид, род, образ»). Дословно Adalheid переводится как «благородная видом» или «благородная происхождением», а по смыслу — просто «благородство». Это значение перешло и к имени Алиса.

Существуют и другие версии происхождения имени, хотя они менее убедительны. Например, его связывают с греческим словом aletheia («истина») или с греческим же именем Каллиста. Однако наиболее признанной в ономастике остаётся версия о древнегерманских корнях.

Фамилия Алисин образована по стандартной для русских фамилий модели: к основе имени Алис- добавляется суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Если бы фамилия была образована от мужского имени, суффикс был бы -ов/-ев. Суффикс -ин типичен именно для основ, оканчивающихся на -а или -я, поэтому форма Алисин абсолютно закономерна. Получается, что Алисин — это «сын Алисы» или «потомок Алисы».